Pada awalnya, Hang Tuah Jaya tidak ditubuhkan sejak zaman dahulu. Kawasan ini hanya dikenali sebagai Bandaraya Melaka bagi warga luar Melaka, dan bagi penduduk Melaka mengenali kawasan ini dengan nama-nama pekan dan bandar di sini. Pentadbiran negeri Melaka juga terletak di Bandaraya Melaka dan terletak di bawah pentadbiran Majlis Bandaraya Melaka Bersejarah.

Perbincangan oleh bekas Ketua Menteri Melaka, Datuk Seri Mohd Ali bin Mohd Rustam bermula pada tahun 2005. Enakmen Hang Jaya Tuah 2005 telah ditubuhkan pada 1hb Jun 2005 dan dilancarkan secara rasmi oleh mantan Perdana Menteri Malaysia, Tun Abdullah bin Ahmad Badawi pada 25hb Jun 2006.

Tiga daerah terlibat dalam pembentukan Hang Tuah Jaya, daerah Melaka Tengah berkeluasan 22601.03 ekar, Alor Gajah pula 12396.41 ekar dan Jasin 28532.01 ekar. 9 buah mukim terlibat, 6 mukim di Melaka Tengah, 2 mukim di Jasin dan 1 mukim di Alor Gajah. Kewujudan kawasan Hang Tuah Jaya ini penting untuk merangsang pembangunan fizikal Negeri Melaka bagi mewujudkan suasana dan persekitaran yang lebih sesuai untuk aktiviti pembangunan yang lengkap dan terancang.

Berkuatkuasa 1 Januari 2010, secara rasminya Hang Tuah Jaya diisytiharkan oleh Ketua Menteri Melaka ketika itu. Seluruh kawasan Hang Tuah Jaya diasingkan dari Majlis Bandaraya Melaka Bersejarah dan dialih kepada Majlis Perbandaran Hang Tuah Jaya, yang mana merupakan PBT ke-4 di negeri Melaka. Pentadbiran negeri Melaka juga dialihkan di sini.

Sejak kewujudan Hang Tuah Jaya, kerajaan negeri berusaha menjadikan kawasan ini sebagai sebuah bandar teknologi hijau di Malaysia, bagi merealisasikan slogan "Melaka Negeri Bandar Tekonologi Hijau". Bukan itu sahaja, Hang Tuah Jaya juga merupakan sebuah bandar terancang di negeri Melaka.